雖然有政策支持，但在實際執行中，醫聯體這一模式有兩個問題。一是對基層醫療機構的服務能力的實質性推動有限。二則是對病人下沉并控制費用的效果也很難體現出來。
第一，醫聯體作為大醫院圈地運動的一個部分，有助于通過基層網絡，為大醫院吸納更多病人，尤其在專科上，將優質專家下沉到基層有助于獲取更多病人。而由于基層醫療機構服務在硬件和整體治療團隊配合上都能力不足，最終需要治療的病人還是會轉向大醫院，因此醫聯體首先得益的是大醫院，而非基層。
在醫生的多點執業中，基層機構確實靠大醫院的名醫獲取了一定的客源，但這些患者仍然是沖著在大機構掛不上號、想看名醫這些理由而去的，用戶忠誠度是向著名醫，而非機構，因此只要名醫遷移到哪里，病人就會跟到哪里，這對基層吸引病人的能力并沒有實質上的提升。
在檢驗報告互認以及一些醫聯體展開遠程讀片、專家會診等信息互通服務上，基層確實獲得了一些能力上的改善，但在人才培養上，能力強的基層醫生一旦獲得去大醫院培訓或執業的機會，則會毫不猶豫地離開基層。對大醫院來說，去基層帶教也幫助他們發掘了一些人才，尤其在三級醫院和部分二級專科醫院的合作上，一些優秀的二級醫院專科人才被吸納到三級醫院中，這些人才對往上流動也是非常積極的，因此從本質上來講，好人才仍然無法留在基層。
從以上三點總結來說，即醫聯體模式中最先獲利的仍然是大醫院，對實質上提升基層實力收效甚微。
第二，醫聯體對實際控費的意義上到底有多大，一直是一個有爭議的問題。目前以醫聯體為核心的強基層到底在提升基層服務能力和控費上有多少作用，現在還看不到明確的數據。不過，雖然中國市場的醫聯體數據還不明確，但在美國市場，有與中國醫聯體類似的ACO（責任醫療組織），最近相關的研究報告顯示其對療效的提升和控費的作用并不強，其主要的價值依然集中在院外，而非醫療開支最大的院內部分。
ACO是“責任醫療組織”（Accountable Care Organization）的簡稱，責任醫療組織的主要使命是將各個層級的醫院和醫生，這包括專科醫生、家庭醫生、康復醫生、以及其他醫護人員結合在一起，進行醫療服務的協同從而提高醫療質量和病人的療效最終達到控費目標的集成醫療組織。ACO主要包括兩種類型：只有基礎醫療（全科+專科診所）的ACO，有大醫院加診所的ACO。
ACO主要針對聯邦保險計劃下的退休人員（Medicare用戶），Medicare Shared Savings Program (MSSP) 項目要求參與的ACO能夠推動加入的醫療機構的多層級合作，從而降低醫療費用。MSSP會為醫療費用控制良好的ACO給予直接獎勵，而對無法滿足要求的ACO進行罰款。從實施的具體情況來看，只有基礎醫療的ACO具有一定的控費能力，但有大醫院參與的ACO都不成功。
而根據Health Affairs最新發布的一份由哈佛醫學院完成的報告顯示，ACO的控費并不理想。在2012-2014這三年里，參與MSSP的ACO的住院率并沒有明顯的下降，住院率在2012年和2013年 分別下降了1.6%和0.7%，但在2014年上升了0.3%。報告顯示，ACO節約的費用主要源自低風險病人而非高風險病人，這與項目設定的初衷也是相違背的，由于主要的醫療費用都是由高風險病人使用的，ACO本來希望能在高風險病人身上省下更多的費用。事實上，ACO節約的費用更多的集中在降低使用相對價格更高的院外服務項目，這主要包括對SNF（Skilled Nursing Facilities）、門診服務和家庭護理的使用減少。
雖然沒有降低住院率，ACO仍然是有其價值的，特別是在院外服務上降低了費用但提升了服務質量。但與其當初設置的目標仍然有著很大的差距，ACO需要進行適當的調整以激勵醫院與各個類型的機構共同對高風險病人進行更好的管理。
從美國ACO的發展來看，醫療合作組織的控費能力并不強，其有效性主要集中在院外而非院內，但醫療服務的核心開支還是集中在院內，院外所能節約的費用非常有限，發展院外的核心還是降低院內的開支。因此，從控費角度來看，醫聯體未來的發展仍需配套有效的措施和工具。
從目前的發展實踐來看，醫聯體對控費的價值并不大。如果是要降低院內的費用，DRG就能有效的推動，這只要支付方改變支付規則即可。如果是要在院外服務上提升，核心還是集中在為出院病人提供術后健康管理，降低再入院率并提升病人的健康能力，這需要支付政策向康復和護理方向傾斜。從根本上來說，醫療費用的大頭還是在住院，核心的控費措施應該集中在這一部分，主要依靠支付政策來引導服務模式轉變，激勵醫院和醫生主動去管理病人。
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